2026 年 6 月 26 日，创新药龙头企业百济神州发布公告，境内全资子公司与主管税务机关就往期企业所得税申报事项达成一致，对相关申报数据进行更正处理。根据公告，企业需补缴税款及滞纳金合计约 4.46 亿元，但本次事项未涉及税务行政处罚。
这一案例值得关注的地方，不只是巨额补税本身，而是它暴露出当前部分高新技术企业、跨境集团在享受税收优惠时容易忽视的合规边界。尤其是 “高新技术企业优惠税率” 和 “研发费用加计扣除” 两项政策，在叠加跨境研发、境外费用分摊、关联交易等场景后，很容易产生税企之间的口径差异。
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两项税收优惠，为何变成合规风险点？
创新药企通常是国家税收优惠政策的重点受益群体。其中，高新技术企业资质和研发费用加计扣除政策，对企业税负影响尤为明显。
首先，高新技术企业可享受企业所得税优惠税率，名义税率从 25% 降至 15%。对于研发投入大、利润规模较高的企业来说，这 10 个百分点的差异，会直接影响当期税负和净利润表现。
其次，研发费用加计扣除政策也是创新药企的重要减税工具。根据相关规定，企业开展研发活动中实际发生的研发费用，在据实扣除的基础上，还可以按规定比例额外加计扣除。对新药研发企业而言，这一政策能够鼓励企业持续加大研发投入，降低创新成本。
不过，政策红利并不等于 “无条件适用”。尤其是当企业业务涉及跨境研发、境外临床试验、全球费用分摊和关联交易时，税收优惠的适用边界会变得更加复杂。
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跨境研发费用分摊：最容易触发纳税调整
从税务逻辑看，研发费用能否享受加计扣除，核心并不在于企业是否真实发生了支出，而在于相关费用是否与境内应税收入直接相关，是否能够证明境内主体实际受益。
对于红筹架构或跨国药企而言，研发活动往往具有全球化特征。临床试验、CRO 外包、境外实验室服务等都可能分布在不同国家和地区。如果境内子公司简单将全球范围内的研发支出统一归集入账，并全部在境内享受加计扣除，就可能引发税务机关的重点关注。
结合医药行业近年来的监管重点，企业在研发费用归集方面常见的风险包括：
第一，境外研发费用分摊缺乏合理依据。企业如果没有明确的费用分摊协议、受益匹配标准和收入配比模型，只是将境外母公司或境外主体发生的研发成本打包计入境内费用，就可能导致研发费用基数被不合理放大。
第二，量产环节支出与临床研发费用混淆。新药研发过程中，临床试验、中试、试制生产等环节性质不同，税务处理也应有所区别。如果将商业化量产阶段的生产成本混入研发费用，一并享受加计扣除，就存在被纳税调增的风险。
第三，共用资产费用分摊不清晰。研发部门与生产部门共用实验室、设备、厂房等资产时，折旧、摊销、水电能耗等费用应按照合理标准进行分摊。如果全部计入研发费用，可能导致加计扣除基数不准确。
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跨境关联交易：另一个高风险雷区
除了研发费用外，跨境关联交易也是本次事件中值得重点关注的方向。对于红筹架构企业而言，境内子公司与境外母公司或其他境外关联主体之间，经常发生无形资产授权、管理服务分摊、技术支持等交易。
根据企业所得税相关规定，关联交易定价应当符合独立交易原则。也就是说，企业向境外关联方支付的费用，不仅要形式上真实，还要能够证明定价公允、业务真实受益，并且相关支出与境内应税收入存在合理关联。
实践中，部分企业容易出现两类问题：
一是特许权使用费定价缺乏支撑。境内企业向境外关联方支付品牌、技术或专利授权费时，如果没有充分的价值评估资料、授权使用范围说明和受益证据，可能被认定为存在利润转移风险。超出公允价格的部分，税务机关可能不允许税前扣除。
二是全球管理费缺乏明细佐证。总部分摊的管理费用如果只有汇总账单，而没有具体服务内容、人员职责、工作记录、费用分摊标准等资料，境内子公司很难证明其实际受益程度。这类费用在税务审核中往往更容易被调整。
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为什么是补税和滞纳金，而不是罚款？
公告显示，本次事项最终以更正申报、补缴税款和滞纳金的方式处理，并未涉及行政处罚。这一结果说明，税务机关在定性时，更倾向于将其界定为税企双方对政策执行口径和核算边界理解不一致，而不是主观故意偷税或虚列成本。
对于企业而言，这一处理方式的关键在于：企业主动配合税务机关开展自查或更正申报，并且相关问题被认定为政策适用、会计处理与税法口径之间的差异，而非恶意造假。
按照现行税收征管逻辑，如果企业能够证明相关费用确实与经营活动相关，只是在税务合规判断上存在偏差，且主动配合整改，通常更可能适用补税、加收滞纳金的处理方式，而不是直接按照偷税进行立案处罚。
此外，从企业披露的财务处理来看，本次补税相关损益被计入当期损益，并未追溯调整前期财务报表。这一处理方式有助于降低对历史财报数据的冲击，也体现出上市公司在信息披露和财务处理上的谨慎考量。
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高新药企和跨境集团应从中吸取哪些教训？
对于享受高新技术企业优惠和研发费用加计扣除的企业来说，本次案例释放出一个明确信号：税收优惠政策支持创新，但企业必须同时满足合规条件。
未来，企业应重点关注以下两个方面：
1. 研发费用归集要讲 “证据链”
研发费用不能只看金额大小，还要看是否具备完整证据链。企业应建立清晰的研发项目台账，明确项目立项、人员投入、费用发生、资产使用、境外服务分摊等内容。
尤其是涉及境外研发费用时，企业不能简单把境外支出全部纳入境内加计扣除范围，而应重点证明相关费用与境内业务、境内收入和境内研发活动之间的关系。
2. 跨境关联交易要讲 “合理性”
境内企业向境外关联方支付费用时，不能只凭发票或账单入账，而应同时准备定价说明、服务内容、受益依据、费用分摊标准等资料。
特许权使用费、技术服务费、管理费等项目，尤其需要提前进行税务合规评估。企业应避免出现 “境外总部一笔汇总费用，境内子公司全额税前扣除” 的粗放处理模式。
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结语
创新药企享受税收优惠，本身符合政策导向。但政策有温度，征管也有尺度。企业不能把税收优惠当成 “无条件红利”，更不能把跨境费用分摊、关联交易和研发费用归集当成可以模糊处理的财务事项。
对于高新企业、跨境集团和红筹架构企业来说，真正稳妥的做法是：优惠政策积极享受，但核算边界必须清晰；研发投入充分归集，但税前扣除必须有依据；跨境交易真实发生，但关联定价必须能说明合理性。
只有把业务实质、费用归属、受益关系和证据链做扎实，企业才能在享受政策红利的同时，避免陷入大额补税风险。
