以下是苏小税根据新政策整理的操作流程，一起来看一下吧！
农产品发票分为无需处理即可进行抵扣勾选的农产品发票与需要待处理后进行抵扣勾选的农产品发票。
如果企业取得农产品收购发票、电子发票服务平台开具的自产农产品销售发票、从一般纳税人处取得的9%农产品专用发票、海关缴款书，无需预先处理，可直接进入【抵扣类勾选】模块进行勾选。
下面是具体的操作流程
一、企业登录电子税务局后，在首页“热门服务”模块点击【发票业务】。
或者点击【我要办税】-【发票使用】-【发票用途确认】功能菜单。
二、点击【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】功能菜单。
三、进入【抵扣勾选】-【发票】模块后，“勾选状态”选择【未勾选】，选择“开票日期（起）”“开票日期（止）”后，点击【查询】。
如果是海关缴款书，则进入【抵扣勾选】-【海关缴款书】模块，“勾选状态”选择【未勾选】，选择“填发日期（起）”“填发日期（止）”后，点击【查询】。
勾选相应发票后，点击【提交勾选】，根据系统提示信息核对数据，确认数据无误，点击【确定】，即完成操作。
如果企业取得的是税务机关代开的农产品发票，需要先进行补录操作，再进行勾选。
在“抵扣类勾选”页面，依次点击【抵扣勾选】-【发票】-【代开农产品发票录入】进入功能模块。
点击【添加行】，录入“发票代码”“发票号码”“开票日期”，系统会自动带出发票相关信息，纳税人根据实际情况，填写农产品部分票面金额、农产品部分票面税额；允许纳税人根据发票上注明的农产品买价和9%的扣除率，自主填报有效抵扣税额。然后点击【确定】。
经过上述操作后，即可到【抵扣勾选】-【发票】模块对这些发票进行勾选。
如果企业取得税控系统开具的自产农产品增值税普通发票、从小规模纳税人处购进的3%农产品专用发票，需要预先处理后再进行抵扣勾选。
具体操作流程如下
自产农产品销售发票（用税控系统开具的自产农产品增值税普通发票）
进入【待处理农产品发票】-【自产农产品销售发票】模块，选择“开票日期（起）”“开票日期（止）”“是否处理”三个查询条件后，点击【查询】；勾选相应发票，并根据实际情况选择“类型”，点击【提交】。
经过上述操作后，即可到【抵扣勾选】-【发票】模块对这些发票进行勾选。
从小规模纳税人处购进的3%农产品专票
点击【待处理农产品发票】-【从小规模处购进的3%农产品专票】功能模块，系统会提示何种情况下可以使用该功能。
关闭提示信息，选择“开票日期（起）”“开票日期（止）”“是否处理”三个查询条件后，点击【查询】，勾选相应发票，并根据实际情况选择“类型”，点击【提交】。
经过上述操作，即可到【抵扣勾选】-【发票】模块对这些发票进行勾选。
从批发零售环节取得的免税蔬菜、肉蛋发票，不得作为抵扣凭证。
农产品进项在增值税申报表中如何申报？
在完成发票勾选抵扣操作后，先依次点击【发票业务】-【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】-【统计确认】进行抵扣勾选统计确认操作，再进行增值税申报。
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在《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》，相应栏次填写进项金额，主表会自动带出相应数据。
（1）农产品收购发票或自产农产品销售发票按9%扣除率计算抵扣的，可抵扣税额填入《附列资料二》第6栏；
（2）税务机关代开的3%农产品专票按9%抵扣填入《附列资料二》第6栏；
（3）9%农产品专用发票，可抵扣税额填入《附列资料二》第2栏；
（4）3%专用发票按扣除率9%计算抵扣的，可抵扣税额填入《附列资料二》第6栏；
（5）海关进口增值税专用缴款书，可抵扣税额填入《附列资料二》第5栏。
